Wytyczne w zakresie kwalifikowalności wydatków w ramach Programu Inteligentny Rozwój określają warunki kwalifikowalności wydatków oraz wskazują szczegółowe koszty, które mogą być uznane za kwalifikowalne w projektach realizowanych w ramach poszczególnych działań i poddziałań Programu. Dokument uszczegóławia również warunki i procedury określone w Wytycznych Ministra Infrastruktury i Rozwoju z 10 kwietnia 2015 r. w zakresie kwalifikowalności wydatków w ramach Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności na lata 2014-2020.